Ecosistemele acvatice riverane reprezintă resurse valoroase care oferă un șir de servicii atât pentru menținerea calității mediului cât și pentru realizarea activităților umane. Ritmul îngrijorător de epuizare și degradare a ecosistemelor acvatice riverane reprezintă un subiect de importanță națională și internațională.
Amenajările hidroenergetice pot avea efecte adverse asupra ecosistemelor riverane, influențând regimul hidrologic, calitatea apei, procesele de producție și destrucție, dezvoltarea biodiversității acvatice și terestre, acestea răsfrângându-se nemijlocit și asupra calității vieții umane. Construcția și exploatarea complexului hidroenergetic pe fluviul Nistru au generat probleme dificile, legate de problemele de mediu, economice și sociale. Continuarea extinderii construcției hidrotehnice pe Nistrul superior poate agrava și mai mult consecințe negative asupra Nistrului medial și inferior, în special în contextul schimbărilor climatice.
Necesitatea proiectului Hydroeconex s-a bazat pe provocările comune pentru țărilor partenere ale proiectului legate de funcționarea construcțiilor hidrotehnice în deosebi asupra modificării a fluxurilor de apă în ecosistemele transfrontaliere (România-Moldova, Ucraina-Moldova) și care au devenit stringente în condiții de secetă în ultimii ani. Diminuarea efectelor negative asupra ecosistemelor fluviului Nistru și rîului Prut necesită consolidarea diverselor grupuri de actori, inclusiv instituțiilor de cercetare, ONGuri, cât și a unor factori de decizie. Prin aplicarea celor mai promițătoare practici de monitorizare și de evaluare a mediului în aval de barajele hidroenergetice din aceste râuri, combinate cu analizele economice ale serviciilor ecosistemelor pierdute, cât și datele istorice privind variațiile climei și nivelului apei acestor râuri, va fi elaborat un sistem de monitorizare transfrontalieră inovatoare a ecosistemelor fluviale din bazinul Mării Negre. Acest sistem va fi încorporat într-o strategie de cooperare bilaterală privind monitorizarea comună a râurilor transfrontaliere afectate de hidrocentrale.
Proiectul este relevant pentru Programul in bazinul Marii Negre prin contribuția sa la coordonarea protecției mediului pentru râurile transfrontaliere afectate de construcțiile hidroenergetice și schimbările climatice.