Группа управления деятельностью координирует распределение основных задач проекта и взаимодействие между партнерами, Техническим секретариатом и Управляющим органом Программы BSB, во главе с ведущим партнером – Институтом зоологии
Деятельность по управлению проектом возглавляет руководитель проекта ведущего института-партнера (Институт зоологии) и координаторы партнерских учреждений (PP2- Эко-Тирас, PP3 – Университет Дунареа де Жос Галац, PP4- Украинский научный центр экологии Моря, РР5 – Гидрометеорологический центр Черного и Азовского морей)
В каждом учреждении есть также финансовый менеджер и менеджер по коммуникациям, которые отвечают за ведение учета реализации проекта, общественные связи и транспарентность.
Основной структурой управления проектом, назначенной с самого начала проекта, является Руководящий комитет, сформированный из членов всех участвующих учреждений и занимающийся основными проблемами проекта, достигнутыми результатами и проверкой соответствия проекта положениям и требованиям программы в отношении управления, реализации и коммуникационной деятельности.